牡丹江医学院学报

2021, v.42;No.184(01) 43-49

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肺腺癌差异基因的生物信息学研究
Bioinformatics study of differentially expressed genes in lung adenocarcinoma

兰宏伟;马微;李娜;赵若晗;

摘要(Abstract):

目的通过生物信息学筛选出肺腺癌中的差异基因,为肺腺癌分子生物研究和生物标志物筛选提供理论依据。方法从GEO数据库中选择编号为GSE118370及GSE116959的基因芯片,在TCGA数据库中选择肺腺癌的转录组数据,分别通过R语言下载、整理并筛选出差异表达基因(Differentially expressed genes,DEG)。通过在线工具STRING得到DEG的蛋白互作(Protein-protein interation,PPI)网络,利用Cytoscape软件得到枢纽基因(hub基因);Oncomine数据库分析hub基因在肿瘤中的总体表达情况,GEPIA数据库验证hub基因在肺腺癌中的表达。cBioPortal数据库分析hub基因在结肠癌中的突变情况,Kaplan-Meier Plotter数据分析hub基因与肺腺癌预后之间的关系。结果通过3个数据集取交集后共筛选出肺腺癌DEG 185个,其中表达下调DEG有152个,表达上调DEG有33个。通过STRING、Cytoscape得到了DEG的PPI网络并筛选出了hub基因,通过对排名靠前的血小板和内皮细胞粘附分子1(Platelet And Endothelial Cell Adhesion Molecule 1,PECAM1)、血管性血友病因子(Von Willebrand Factor,VWF)、小凹蛋白1(Caveolin 1,CAV1)及TEK受体酪氨酸激酶(TEK Receptor Tyrosine Kinase,TEK)4个hub基因的进一步分析,最终验证了PECAM1等4个基因在肺腺癌中低表达,且发现PECAM1等4个基因在肺腺癌中突变率较低,并与肺腺癌患者预后密切相关。结论本研究通过生物信息学分析得到了肺腺癌的差异基因,并认为PECAM1、VWF、CAV1、TEK可能作为评估肺腺癌预后的生物标志物。

关键词(KeyWords): 肺腺癌;生物信息学;差异基因;GEO;TCGA

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 牡丹江医学院研究生创新科研项目(2019YJSCX-03MY);; 黑龙江省高等学校基本科研业务费科研项目(2019-KYYWFMY-0026);; 黑龙江省高等学校基本科研业务费科研项目(2019-KYYWFMY-0063);; 黑龙江省教育厅攀登计划项目(2018-KYYWFMY-0009)

作者(Author): 兰宏伟;马微;李娜;赵若晗;

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DOI: 10.13799/j.cnki.mdjyxyxb.2021.01.009

参考文献(References):

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